Abordagem combinada de docking e dinâmica molecular para triagem virtual de potenciais inibidores do Glicoproteína do Ebolavirus

Abstract

A doença do vírus do ebola é bastante preocupante devido a sua alta taxa de letalidade que chega até ao 90%. Foi estimado que até então já provocou mais de 15.000 mortes em todo mundo. Para frear esta doença, vacinas e medicamentos têm sido desenvolvidos com este propósito, mas ainda assim a doença do vírus do ebola não tem cura, o que tem estimulado a investigação de várias estratégias terapêuticas diferentes que tem como com alvo especifico as estruturas e mecanismos virais do vírus Ebola. Nesta senda, por meio do planejamento de fármacos auxiliado por computador este trabalho buscou identificar pequenas moléculas com capacidade inibir a Glicoproteína do Ebolavirus. No total foram identificadas 73 estruturas antivirais contra o ebola na plataforma ZINC15, e por meio do programa Molegro Virtual Docker os ligantes foram docados com a estrutura cristalina da glicoproteína do EBOV obtida na plataforma PDB (código: 5JQ7). As poses obtidas com o MolDock Score ≤ -100 foram submetidas a regra dos cinco de Lipinski e excluídas aquelas que violaram 2 ou mais das regras de Lipinski. No final, os 6 melhores ligantes tiveram as suas propriedades farmacocinéticas preditas pela plataforma ADMETlab e comparadas com as informações disponíveis no DrugBank. Quando analisadas as poses geradas apenas o ZINC3833846 teve melhor Moldock Score em relação ao ligante nativo, mas por outro lado, os seis ligantes tiveram melhores valores de energia de ligação de hidrogênio em relação ao ligante nativo. O ligante ZINC4016718 foi o único ligante que teve 4 interações de hidrogênio. Com exceção do ZINC2033588 que teve o RMSD de 2,09 Å todos os restantes obtiveram um valor de RMSD abaixo de 2 Å. Por fim, com as simulações de dinâmica molecular do NAMD, foi possível observar uma estabilidade maior do ligante nativo Toremifeno, e logo em seguida o composto ZINC4016718, na qual observou-se também as quatro ligações de hidrogênio formadas por este ligante durante a trajetória da simulação.