Potenciais inibidores contra a protease Mpro do Sars-Cov-2: Docking Molecular, Dinâmica Molecular, RMSD, RMSF, H-bond, SASA e aproximações MMGBSA

Abstract

A Síndrome Respiratória Aguda Grave (SARS) causada por um coronavírus (SARS-CoV- 2) ainda é uma infecção viral recente. Não há evidências científicas e ensaios clínicos que

indiquem que possíveis terapias tenham mostrado resultados em pacientes suspeitos ou confirmados. Diante do exposto, algumas drogas estão sendo utilizadas e estudadas para conter a propagação do vírus e os danos em toda a sociedade. Os medicamentos usados em tratamentos alternativos incluem antimaláricos, antimicrobianos, corticosteroides antivirais, anticoagulantes e soro convalescente. Portanto, a química medicinal tem contribuído de forma multidisciplinar. Este trabalho teve como objetivo realizar uma triagem de 2.108 medicamentos essenciais conhecidos e amplamente utilizados pela população de modos a avaliar uma possível capacidade inibitória do COVID-19, se ligando à protease principal Mpro

. Para isso foi aplicada a química computacional usando o MolAiCalD com algoritmo de modelo Genético Lamarckiano (GA) combinado com a estimativa de energia baseada em grade em conformação rígida e flexível. Os ligantes escolhidos para realização da triagem virtual por docking molecular foram medicamentos registrados no FDA e disponíveis na biblioteca virtual. Além disso, estudos de dinâmica

molecular também foram realizados para verificar a estabilidade no complexo receptor- ligante formado por meio de análises de RMSD, RMSF, H-Bond, SASA e MMGBSA. Em

comparação com a energia de ligação da lixiviação sintética redocking (-6,8 kcal/mol/RMSD 1,34 Å), que foi bem acima, decidiu-se abordar os parâmetros de apenas três ligantes, ergotamina (-9,9 kcal/mol/ RMSD de 2,0 Å), diidroergotamina (-9,8 kcal/mol/RMSD de 1,46 Å) e olísio (-9,5 kcal/mol/RMSD 1,5 Å). Pode-se afirmar que a ergotamina apresentou as melhores interações com a protease Mpro do covid19 pelo estudo in sílico, sendo um candidato promissor no tratamento do Covid19.